Italien 1609. Der des Mordes angeklagte Caravaggio ist aus Rom geflohen und hat sich nach Neapel abgesetzt. Unterstützt von der mächtigen Colonna-Familie versucht Caravaggio, die Gnade der Kirche zu erlangen, um nach Rom zurückkehren zu können.

Der Papst beschliesst daraufhin, einen Inquisitor, den Schatten, mit der Untersuchung des Malers zu beauftragen, dessen Kunst als subversiv und gegen die Moral der Kirche gerichtet angesehen wird.